微陣列數據中基因的協同作用和特異性綜合分析

Abstract

"抵禦農業中的天氣不穩定性是農業的主要任務之一，為了最大程度地減少收成損失，了解計劃生長，新陳代謝和抵抗環境的機制非常重要。在環境壓力下，在不同濃度植物激素下植物細胞的代謝和生理調節中起著至關重要的作用。 為了全面了解基因的功能（特異性）和基因之間的關係（協同作用），在不同植物激素下進行基因網絡研究非常重要。在這項研究中，從網絡開源數據庫下載的不同植物激素下的微陣列基因表達數據，並構建了加權基因共表達網絡。此外，為了研究基因模塊和植物激素之間的非線性關係，在使用奇異值分解和雙標圖之前，使用子組本質相關係數（subCID）來代替了先前研究所使用取特徵基因模塊表現量的平均。為了清楚的觀察基因模塊在不同植物激素下在不同組織部位中表達水平的變化,計算在雙標圖中基因模塊和不同植物激素處理之間的角度，並進行統計檢驗。 研究結果發現，大多數基因模塊對根和芽組織中植物激素的反應均不同，而相同基因模塊對根和芽組織中植物激素的反應也不同，也在基因本體分析和文獻研究中得到證實。此外，利用subCID還發現了不同植物激素下基因模塊之間的基因協同作用。因此，依據本研究的分析結果，可提供跟先前研究不同的統計方法，用於研究微陣列數據中更準確的基因協同作用和特異性。 "