吳郭魚c-ski基因的選殖, 定序及比較

Abstract

由 1.6 公分長的吳郭魚萃取 mRNA ，加入針對exon l 設計的 degenerate primer 進行 RT－PCR ，得到四種吳郭魚 c－ski cDNA exon l 的核甘酸片段。四種吳郭魚c－ski cDNA exon l 核甘酸片段之中，三種有 309 個核甘酸，一種有 300 個核甘酸。第一種到第四種吳郭魚c－ski cDNA exon l 與雞 c－ski cDNA 第 468 到第 773 核甘酸各有 87.79％、88.35％、 88.35 ％以及 88.67 ％相同。蛋白質轉譯區由第一個核甘酸到第309個及第300個核甘酸共有103個胺基酸以及100個胺基酸。第一種到第四種吳郭魚 c－ski cDNA exon 1 與雞 c－Ski 從N-端第 101 個胺基酸到第 202 個胺基酸各有 90.10％。 85.15％ 8 .15％、82.18％相同。 針對exon l 以及 exon 6 設計 degenerate primer 進行 RT 一 PCR 之後得到第一種以及第二種吳郭魚c－ski cDNA 核甘酸片段，彼此的核甘酸有 76 . 20 ％相同。蛋白質轉譯區由第 1 個核甘酸到第1290個以及1452個核甘酸一共有430個以及484 個胺基酸 ，與雞c－ski第 101 個到 599 個胺基酸有54.65％以及56.28％相同。 建立吳郭魚 genomic library ，以吳郭魚 type I c－ski cDNA exon l 核甘酸片段做為探針進行篩選。選殖出一段 genomic DNA 共14 kb ，以 Sacl 作用之後進行南方轉漬分析（ Southern blot ）。發現吳郭魚 type I c－ski exon l 位於 4 kb 的核甘酸片段上：其中 exon l 有 894 個核甘酸； 5 ' flanking region 及 5 'untranslated region 有596個核甘酸；其餘為 intron 約有2 . 5 kb 。在 5 ' flanking region 中， ATG 上游-486－502 個核甘酸有 MyoD response element ；-334－341 個核甘酸有 MZF 1 response element ； -284－293 個核甘酸有 GATA－1 response element ；而 TATA box 則位於 -229－234 個核甘酸的位置上。