小家鼠小腸微生物相的遺傳分析

Abstract

環境中大部份種類的細菌以目前的培養技術是無法培養或甚至是很難培養的。所以這對於研究微生物的問題上是個很大的瓶頸。目前大部分微生物學家以各種不同種細菌的小段核醣體RNA基因(16S rDNA)，再經過一些分析方法如：ARDRA(RFLP)、DGGE、TGGE、T-RFLP、…等分出不同細菌的遺傳變異作為分類的依據，此方法不需在培養基上培養細菌再做分析，是目前研究微生物相的最好方法。 本研究利用分子生物學的方法來探究野生小家鼠的腸胃道內細菌，分析其組成和變化，期望將來建立一個小家鼠腸胃道細菌相的完整藍圖，對台灣小家鼠族群的分析上及其腸胃道疾病與微生物的相關研究有很大的幫助。因此，首先將野生小家鼠小腸內細菌的16S rDNA進行聚合?連鎖反應(PCR)及細胞轉殖(cloning)，再加以完全定序，以確切地分析細菌相的組成及其親緣關係。發現有六群主要的操作分類單元(OTUs)，其中以OUT A(Mycoplasma sp.)及OUT B (Bacillaceae cereus)為優勢族群而其他族群則非常稀少，進而分析其OTU內單型(haplotype)的變異情形。之後搜尋並下載GenBank上所有哺乳類動物腸胃道細菌的16S rDNA序列，並取其中較完整可用的1114條序列，來進行電腦軟體模擬T-RFLP的操作，找出最合適的PCR引子及限制?，以便將來快速檢測細菌相的組成及變化，發現以55f-985r配對的引子及配合HhaI或RsaI等限制?可產生最多的片段長度(T-RFs)多型性。