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| Publication Year | Title | Author(s) | Department |
| 2007 | 台灣南部珊瑚礁海域兩種固曲齒雀鯛食性適應性之研究 - 利用胃內含物和穩定同位素分析
Plasticity of feeding habits of two Plectroglyphidodon damselfishes on coral reefs at southern Taiwan, evidence from stomach content and stable isotope analyses | Yi-Cheng Fu; 傅以承 | 海洋研究所 |
| 2011 | 台灣周圍海域人工魚礁區魚類群聚結構之探討
A Study on the Structure of Fish Communities around Artificial Reefs in the Coastal Waters of Taiwan | Chi-Ying Lin; 林其穎 | 海洋研究所 |
| 2010 | 台灣周圍海域表水鉛-210與釙-210的分佈
Distributions of 210Pb and 210Po in Surface Water of the Seas surrounding Taiwan | Pin-Ruei Chen; 陳品叡 | 海洋研究所 |
| 2007 | 台灣周遭海域表水浮游植物色素分佈初探
Pigments Distribution in Coastal Surface Waters off Taiwan. | Chun-Ho Tung; 董淳禾 | 海洋研究所 |
| 2009 | 台灣周邊兩千年以來高解析度之地磁場世紀變化記錄：以南沖繩海槽MD05-2907岩芯為例
High-resolution geomagnetic secular variation record around Taiwan for the past 2,000 years: A case study of marine core MD05-2907 in southern Okinawa Trough | Kuo-Hang Chen; 陳國航 | 海洋研究所 |
| 2018 | 台灣周邊海域新穎變形菌的分離及分類研究
Isolation and classification of novel proteobacteria in the coastal regions around Taiwan | Ssu-Po Huang; 黃思博 | 海洋研究所 |
| 2007 | 台灣地區克氏小丑魚顏色型與其族群遺傳研究
The Color Morph and Population Genetics of Clark's Anemonefish (Amphiprion clarkii) in Taiwan | Cheing-Hua Huang; 黃建華 | 海洋研究所 |
| 2009 | 台灣小河川溶解性物質之區域性與季節性變化
Spatial and Temporal Variations and Flux of Dissolved Inorganic Components in the Small Mountainous Rivers of Taiwan | Kai-Li Lien; 連凱莉 | 海洋研究所 |
| 2013 | 台灣小河川溶解性物質之季節性變化與極端事件影響
Seasonal and Extreme Events on Flux of Dissolve Materials Export to the Ocean from Taiwan Small Rivers | Yi-Hsuan Lai; 賴怡萱 | 海洋研究所 |
| 2017 | 台灣東側海域海面高度值變動之研究
A Study of Sea Surface Height Variability East of Taiwan | Kai-Chieh Yang; 楊凱絜 | 海洋研究所 |
| 2005 | 台灣東北海域花腹鯖（Scomber australasicus）單位加入生產量之研究
Study of yield-per-recruit model for spotted mackerel, Scomber australasicus, in the waters off northeastern Taiwan | Heng-Hsin Liu; 劉恒信 | 海洋研究所 |
| 2015 | 台灣東北海域齒鰆之年齡與成長研究
Age and growth study of striped bonito, Sarda orientalis, in the waters off northeastern Taiwan | Yu-Hsuan Ho; 何昱宣 | 海洋研究所 |
| 2008 | 台灣東北角地區能利用葡萄糖或半乳糖為單一碳源的細菌之分離與特性研究
Isolation and characterization of the bacteria which can use glucose or galactose for single carbon source from seawater in Taiwan northeast coast | Jun-Yi Wu; 吳俊毅 | 海洋研究所 |
| 2010 | 台灣東北部宜蘭平原及龜山島之地熱研究
The geothermal study in Ilan Plain and Kueishantao in northeastern Taiwan | Hsieh-Tang Chiang; 江協堂 | 海洋研究所 |
| 2007 | 台灣東北部海域三種腔吻鳕屬鼠尾鳕的食性及棲所資源分配之研究
Utilities of food and habitat of three congeneric grenadiers (Coelorinchus spp.) in waters of Northeastern Taiwan | Ching-Chao Lee; 李境超 | 海洋研究所 |
| 2006 | 台灣東南海域弧前盆地之構造演化特徵
Structural characteristics and evolution of the forearc basin offshore southeastern Taiwan | Li-Wen Chen; 陳麗雯 | 海洋研究所 |
| 2016 | 台灣東岸及外海海底地震儀周遭噪訊分析：噪訊來源及岩石圈構造速度逆推
Ambient seismic noise analysis: Origin of noise source and tomographic inversion for lithospheric velocity structure offshore eastern Taiwan | Ruo-Shan Liu; 劉若珊 | 海洋研究所 |
| 2009 | 台灣東部沿海密毛龍蝦之脫殼成長研究
Growth and molting of captive pronghorn spiny lobster, Panulirus penicillatus, in the eastern coast of Taiwan | Ying-Wei Huang; 黃盈瑋 | 海洋研究所 |
| 2011 | 台灣東部海域密毛龍蝦資源評估研究
Stock assessment of the spiny lobster Panulirus penicillatus in the coastal waters off eastern Taiwan | Yi-Jay Chang; 張以杰 | 海洋研究所 |
| 2006 | 台灣東部海域白皮旗魚之年齡與成長研究
Age and growth of black marlin, Makaira indica, in the waters off eastern Taiwan | Chien-Hsien Liu; 劉建賢 | 海洋研究所 |
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