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| DC 欄位 | 值 | 語言 |
|---|---|---|
| dc.contributor.advisor | 温進德(Jin-Der Wen) | |
| dc.contributor.author | Ta-Wei Kuo | en |
| dc.contributor.author | 郭大維 | zh_TW |
| dc.date.accessioned | 2022-11-24T03:25:32Z | - |
| dc.date.available | 2023-09-02 | |
| dc.date.available | 2022-11-24T03:25:32Z | - |
| dc.date.copyright | 2021-09-13 | |
| dc.date.issued | 2021 | |
| dc.date.submitted | 2021-09-02 | |
| dc.identifier.citation | Agalarov, Sultan, G. Prasad, P. M. Funke, C. D. Stout, and James Williamson. 2000. 'Structure of the S15,S6,S18-rRNA Complex: Assembly of the 30S Ribosome Central Domain', Science (New York, N.Y.), 288: 107-13. Akanuma, G., A. Kobayashi, S. Suzuki, F. Kawamura, Y. Shiwa, S. Watanabe, H. Yoshikawa, R. Hanai, and M. Ishizuka. 2014. 'Defect in the formation of 70S ribosomes caused by lack of ribosomal protein L34 can be suppressed by magnesium', J Bacteriol, 196: 3820-30. Aliprandi, Pascale, Christina Sizun, Javier Perez, Fabien Mareuil, Sandrine Caputo, Jean-Louis Leroy, Benoit Odaert, Soumaya Laalami, Marc Uzan, and François Bontems. 2008. 'S1 ribosomal protein functions in translation initiation and ribonuclease RegB activation are mediated by similar RNA/protein interactions. An NMR and SAXS analysis'. Ashkin, A. 1970. 'Acceleration and Trapping of Particles by Radiation Pressure', Physical Review Letters, 24: 156-59. Ashkin, A., J. M. Dziedzic, and T. Yamane. 1987. 'Optical trapping and manipulation of single cells using infrared laser beams', Nature, 330: 769-71. Boni, Irina, D. M. Isaeva, Maxim Musychenko, and Nina Tzareva. 1991. 'Ribosome-messenger recognition: mRNA target sites for ribosomal protein S1', Nucleic Acids Research, 19: 155-62. Bustamante, C. 2008. 'In singulo biochemistry: when less is more', Annu Rev Biochem, 77: 45-50. Byrgazov, Konstantin, Salim Manoharadas, Anna C. Kaberdina, Oliver Vesper, and Isabella Moll. 2012. 'Direct Interaction of the N-Terminal Domain of Ribosomal Protein S1 with Protein S2 in Escherichia coli', PLOS ONE, 7: e32702. Cifuentes-Goches, Juan, Lizbeth Hernández-Ancheyta, Gabriel Guarneros, Norma Oviedo, and Javier Hernández-Sánchez. 2019. 'Domains two and three of Escherichia coli ribosomal S1 protein confers 30S subunits a high affinity for downstream A/U-rich mRNAs', Journal of biochemistry, 166: 29-40. Duval, M., A. Korepanov, O. Fuchsbauer, P. Fechter, A. Haller, A. Fabbretti, L. Choulier, R. Micura, B. P. Klaholz, P. Romby, M. Springer, and S. Marzi. 2013. 'Escherichia coli ribosomal protein S1 unfolds structured mRNAs onto the ribosome for active translation initiation', PLoS Biol, 11: e1001731. Loveland, A. B., and A. A. Korostelev. 2018. 'Structural dynamics of protein S1 on the 70S ribosome visualized by ensemble cryo-EM', Methods, 137: 55-66. Marzi, S., A. G. Myasnikov, A. Serganov, C. Ehresmann, P. Romby, M. Yusupov, and B. P. Klaholz. 2007. 'Structured mRNAs regulate translation initiation by binding to the platform of the ribosome', Cell, 130: 1019-31. Philippe, Claude, Claude Portier, Maryléne Mougel, Marianne Grunberg-Manago, Jean Pierre Ebel, Bernard Ehresmann, and Chantal Ehresmann. 1990. 'Target site of Escherichia coli ribosomal protein S15 on its messenger RNA: Conformation and interaction with the protein', Journal of Molecular Biology, 211: 415-26. Qu, Xiaohui, Laura Lancaster, Harry F. Noller, Carlos Bustamante, and Ignacio Tinoco. 2012. 'Ribosomal protein S1 unwinds double-stranded RNA in multiple steps', Proceedings of the National Academy of Sciences, 109: 14458. Qureshi, Nusrat Shahin, Jasleen Kaur Bains, Sridhar Sreeramulu, Harald Schwalbe, and Boris Fürtig. 2018. 'Conformational switch in the ribosomal protein S1 guides unfolding of structured RNAs for translation initiation', Nucleic Acids Research, 46: 10917-29. Salah, P., M. Bisaglia, P. Aliprandi, M. Uzan, C. Sizun, and F. Bontems. 2009. 'Probing the relationship between Gram-negative and Gram-positive S1 proteins by sequence analysis', Nucleic Acids Res, 37: 5578-88. Subramanian, Alap-Raman. 1983. 'Structure qnd Functions of Ribosomal Protein S1.' in Waldo E. Cohn (ed.), Progress in Nucleic Acid Research and Molecular Biology (Academic Press). Wright, W. H., G. J. Sonek, and M. W. Berns. 1994. 'Parametric study of the forces on microspheres held by optical tweezers', Applied Optics, 33: 1735-48. Wu, Yi-Ju, Cheng-Han Wu, Athena Yi-Chun Yeh, and Jin-Der Wen. 2014. 'Folding a stable RNA pseudoknot through rearrangement of two hairpin structures', Nucleic Acids Research, 42: 4505-15. 吳怡儒 (2013)。以光鉗技術研究rpsO基因5’端未轉譯區核醣核酸的結構轉換機制。國立台灣大學分子與細胞生物學研究所碩士論文。 陳臆嵐 (2019)。核醣體與訊息核糖核酸動態相嵌可促進轉譯起始過程。國立台灣大學分子與細胞生物學研究所博士論文。 楊宜芳 (2020)。以單分子螢光共振能量轉移技術觀測S1如何結合mRNA。國立台灣大學分子與細胞生物學研究所碩士論文。 | |
| dc.identifier.uri | http://tdr.lib.ntu.edu.tw/jspui/handle/123456789/80999 | - |
| dc.description.abstract | 核醣體蛋白bS1是大腸桿菌的核醣體中最大的組成蛋白，由6個同源OB摺疊結構域（D1~D6）組成。兩個N端結構域（D1-D2）停靠在30S次單元上，其餘四個結構域（D3-D6）將與核醣體結合位點 (RBS) 的上游結合並解開由 5'UTR 結構形成的二級結構。當二級結構打開時，30S 次單元可以與 RBS 結合進行轉譯。 基於這個前提，我們想了解bS1蛋白對特定RNA結構的影響及其解旋的方向性，進而推導出S1的實際解旋機制。我們首先設計了源自大腸桿菌rpsO基因的5’端未轉譯區域 (RPSOutr) 的三個 RNA 結構作為實驗主體，然後我們將不同濃度的 S1 蛋白加入反應，然後用光鉗進行實驗，研究 bS1 蛋白對RNA二級結構的穩定性和動力學，之後則將bS1改換成30S，希望能進一步了解bS1在30S與mRNA兩者之間所扮演的角色。 我們發現bS1的存在可以幫助打開RNA的結構，並且解開結構所需要的力減少的趨勢與bS1的濃度呈正相關。另外，bS1可能因著結合RNA時的結構域(domain)不同，而對結合位上游的結構造成影響。在加入30S的實驗中，我們也同樣看到30S的存在可以幫助結構的打開，並比單純bS1存在時穩定。在未來的實驗中，我們希望利用缺乏特定domain的bS1突變體縮減來分析bS1蛋白與RNA的動態相互作用，以更進一步了解bS1蛋白的RNA解旋機制。 | zh_TW |
| dc.description.provenance | Made available in DSpace on 2022-11-24T03:25:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 U0001-0209202101240400.pdf: 3602813 bytes, checksum: a8bd19ef118b7c77753c281977809d4e (MD5) Previous issue date: 2021 | en |
| dc.description.tableofcontents | "目錄 口試委員審定書 i 中文摘要 ii ABSTRACT iii Chapter1導論 1 1.1核醣體蛋白bS1 1 1.2核醣體蛋白uS15與rpsO基因 2 1.3單分子技術 3 1.4光鉗 3 1.5研究動機 4 Chapter 2 材料與方法 5 2.1材料 5 2.1.1 勝任細胞品系 5 2.1.2 質體 5 2.1.3引子設計 6 2.1.4試劑 7 2.1.5藥品 7 2.1.6酵素 9 2.1.7 溶液 9 2.2方法 11 2.2.1載體構築 11 2.2.2 bS1蛋白純化 11 2.2.3.細胞外轉錄作用 12 2.2.4 聚合酶連鎖反應 13 2.2.5 DNA修飾 15 2.2.6 EMSA 15 2.2.7 DNA handles與RNA之黏合反應 16 2.2.8光鉗實驗 16 Chapter 3結果 19 3.1 核醣體蛋白S1純化 19 3.2 mS2L/HP1-Lk/Lk-HP2相對應關係 19 3.3 bS1對特定RNA結構之影響 20 3.4 30S 對特定RNA結構之影響 23 Chapter 4討論 25 4.2 mS2L在bS1或30S存在時不會形成偽結結構 25 4.2 髮夾結構在bS1或30S的參與下過渡態發生之原因 26 4.3未來展望 27 參考文獻 28 圖目錄 Figure 1. RNA tether 與handle對應關係 31 Figure 2 . Optical tweezers設置示意圖 33 Figure 3. bS1經Resource Q管柱純化之洗提結果以及SDS-PAGE純度確認 34 Figure 4. bS1經Superdex 200,10/300管柱之洗提結果及SDS-PAGE純度確認 35 Figure 5. 在Force-extension圖中mS2L的不同類型相關曲線 36 Figure 6. mS2L雙髮夾結構解旋分析圖 37 Figure 7. HP1-Lk Lk-HP2單一髮夾結構解旋分析圖 38 Figure 8. mS2L/ HP1-Lk/ Lk-HP2在不同添加物下之Force比較 39 Figure 9. HP1-Lk結構解旋分析 40 Figure 10. Lk-HP2結構解旋分析 41 Figure 11. mS2L結構解旋分析 42 Figure 12.不同添加物下各種類型軌跡出現比例圖 43 Figure 13. HP1-Lk髮夾結構在定力下之解旋與摺疊速率 44 Figure 14. Lk-HP2髮夾結構在定力下之解旋與摺疊速率 45 Figure 15. HP1-Lk在bS1存在與否下之Constant force結果對照圖 47 Figure 16. Lk-HP2在bS1存在與否下之Constant force結果對照圖 48 Figure 17. mS2L在bS1存在與否下之Constant force結果對照圖 50 Figure 18. HP1-Lk在相同濃度添加物下之Constant force結果對照圖 52 Figure 19. Lk-HP2在相同濃度添加物下之Constant force結果對照圖 53 Figure 20. mS2L在相同濃度添加物下之Constant force結果對照圖 54 Figure 21. bS1的核酸解旋機制示意圖 56 表目錄 Table 1. mS2L之解旋力與對應距離變化統計結果 57 Table 2. HP1-Lk/ Lk-HP2之解旋力與對應距離變化統計結果 58 " | |
| dc.language.iso | zh-TW | |
| dc.subject | 核醣體蛋白bS1 | zh_TW |
| dc.subject | 光鉗 | zh_TW |
| dc.subject | rpsO | zh_TW |
| dc.subject | 30S | zh_TW |
| dc.subject | OB摺疊 | zh_TW |
| dc.subject | OB fold | en |
| dc.subject | ribosomal protein | en |
| dc.subject | optical tweezers | en |
| dc.subject | rpsO | en |
| dc.subject | 30S | en |
| dc.title | 以光鉗技術探討核醣體蛋白bS1的核酸解旋機制 | zh_TW |
| dc.title | Using optical tweezers to study the RNA unwinding mechanism of ribosomal protein bS1 | en |
| dc.date.schoolyear | 109-2 | |
| dc.description.degree | 碩士 | |
| dc.contributor.oralexamcommittee | 楊立威(Hsin-Tsai Liu),張功耀(Chih-Yang Tseng) | |
| dc.subject.keyword | 核醣體蛋白bS1,光鉗,rpsO,30S,OB摺疊, | zh_TW |
| dc.subject.keyword | ribosomal protein,optical tweezers,rpsO,30S,OB fold, | en |
| dc.relation.page | 58 | |
| dc.identifier.doi | 10.6342/NTU202102941 | |
| dc.rights.note | 同意授權(限校園內公開) | |
| dc.date.accepted | 2021-09-06 | |
| dc.contributor.author-college | 生命科學院 | zh_TW |
| dc.contributor.author-dept | 分子與細胞生物學研究所 | zh_TW |
| dc.date.embargo-lift | 2023-09-02 | - |
| 顯示於系所單位： | 分子與細胞生物學研究所 | |
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