Skip navigation

DSpace

機構典藏 DSpace 系統致力於保存各式數位資料(如:文字、圖片、PDF)並使其易於取用。

點此認識 DSpace
DSpace logo
English
中文
  • 瀏覽論文
    • 校院系所
    • 出版年
    • 作者
    • 標題
    • 關鍵字
    • 指導教授
  • 搜尋 TDR
  • 授權 Q&A
    • 我的頁面
    • 接受 E-mail 通知
    • 編輯個人資料
  1. NTU Theses and Dissertations Repository
  2. 生命科學院
  3. 生化科學研究所
請用此 Handle URI 來引用此文件: http://tdr.lib.ntu.edu.tw/jspui/handle/123456789/6056
完整後設資料紀錄
DC 欄位值語言
dc.contributor.advisor翁啟惠(Chi-Huey Wong)
dc.contributor.authorSachin S. Shivatareen
dc.contributor.author施沙晉zh_TW
dc.date.accessioned2021-05-16T16:20:09Z-
dc.date.available2017-01-27
dc.date.available2021-05-16T16:20:09Z-
dc.date.copyright2014-01-27
dc.date.issued2013
dc.date.submitted2013-11-04
dc.identifier.citationReferences
Chapter 1
(1) (a) Geijtenbeek, T. B. H.; Kwon, D. S.; Torensma, R.; van Vliet, S. J.; van Duijnhoven, G. C. F.; Middel, J.; Cornelissen, I. L. M. H. A.; Nottet, H. S. L. M.; KewalRamani, V. N.; Littman, D. R.; Figdor, C. G.; van Kooyk, Y. Cell 2000, 100, 587; (b) Geijtenbeek, T. B. H.; Torensma, R.; van Vliet, S. J.; van Duijnhoven, G. C. F.; Adema, G. J.; van Kooyk, Y.; Figdor, C. G. Cell 2000, 100, 575.
(2) Vacquier, V. D.; Moy, G. W. Dev. Biol. 1997, 192, 125.
(3) Tiemeyer, M.; Goodman, C. S. Development 1996, 122, 925.
(4) (a) Calarese, D. A.; Scanlan, C. N.; Zwick, M. B.; Deechongkit, S.; Mimura, Y.; Kunert, R.; Zhu, P.; Wormald, M. R.; Stanfield, R. L.; Roux, K. H.; Kelly, J. W.; Rudd, P. M.; Dwek, R. A.; Katinger, H.; Burton, D. R.; Wilson, I. A. Science 2003, 300, 2065; (b) Scanlan, C. N.; Pantophlet, R.; Wormald, M. R.; Saphire, E. O.; Stanfield, R.; Wilson, I. A.; Katinger, H.; Dwek, R. A.; Rudd, P. M.; Burton, D. R. J. Virol. 2002, 76, 7306.
(5) Kansas, G. S. Blood 1996, 88, 3259.
(6) Zinecker, C. F.; Striepen, B.; Geyer, H.; Geyer, R.; Dubremetz, J. F.; Schwarz, R. T. Mol Biochem Parasit 2001, 116, 127.
(7) Newburg, D. S. Curr. Med. Chem. 1999, 6, 117.
(8) Sacchettini, J. C.; Baum, L. G.; Brewer, C. F. Biochemistry 2001, 40, 3009.
(9) (a) Schofield, L.; Hewitt, M. C.; Evans, K.; Siomos, M. A.; Seeberger, P. H. Nature 2002, 418, 785; (b) Nyame, A. K.; Kawar, Z. S.; Cummings, R. D. Arch. Biochem. Biophys. 2004, 426, 182.
(10) Ragupathi, G.; Coltart, D. M.; Williams, L. J.; Koide, F.; Kagan, E.; Allen, J.; Harris, C.; Glunz, P. W.; Livingston, P. O.; Danishefsky, S. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 13699.
(11) (a) Astronomo, R. D.; Burton, D. R. Nat Rev Drug Discov 2010, 9, 308; (b) Hevey, R.; Ling, C. C. Future Med. Chem. 2012, 4, 545.
(12) Banks, D. D. J. Mol. Biol. 2011, 412, 536.
(13) Benyair, R.; Ron, E.; Lederkremer, G. Z. Int. Rev. Cell. Mol. Biol. 2011, 292, 197.
(14) Shental-Bechor, D.; Levy, Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 8256.
(15) Bolt, G.; Kristensen, C.; Steenstrup, T. D. Glycobiology 2005, 15, 541.
(16) (a) Sareneva, T.; Mortz, E.; Tolo, H.; Roepstorff, P.; Julkunen, T. Eur J Biochem 1996, 242, 191; (b) Sun, Q.; Zhao, L. X.; Song, Q. Q.; Wang, Z.; Qiu, X. S.; Zhang, W. J.; Zhao, M. J.; Zhao, G.; Liu, W. B.; Liu, H. Y.; Li, Y. S.; Liu, X. F. Glycobiology 2012, 22, 369.
(17) Hsu, T. A.; Takahashi, N.; Tsukamoto, Y.; Kato, K.; Shimada, I.; Masuda, K.; Whiteley, E. M.; Fan, J. Q.; Lee, Y. C.; Betenbaugh, M. J. J. Biol. Chem. 1997, 272, 9062.
(18) Pallesen, L. T.; Pedersen, L. R. L.; Petersen, T. E.; Rasmussen, J. T. J. Dairy Sci. 2007, 90, 3143.
(19) Hoshida, S.; Hayashi, T.; Kanamasa, K.; Ishikawa, K.; Naka, M.; Kawarabayashi, T.; Yokoi, Y.; Matsuda, M.; Nagai, Y.; Yamada, Y.; St, S. O. A. C. S. American Journal of Cardiology 2004, 93, 608.
(20) (a) Kimble, B.; Nieto, G. R.; Perez, D. R. Virol. J. 2010, 7, 365; (b) Stevens, J.; Blixt, O.; Tumpey, T. M.; Taubenberger, J. K.; Paulson, J. C.; Wilson, I. A. Science 2006, 312, 404.
(21) Thomas, W.; Forero, M.; Yakovenko, O.; Nilsson, L.; Vicini, P.; Sokurenko, E.; Vogel, V. Biophys. J. 2006, 90, 753.
(22) Helenius, A.; Aebi, M. Annu. Rev. Biochem. 2004, 73, 1019.
(23) Herscovics, A. Bba-Gen Subjects 1999, 1473, 96.
(24) (a) Takahashi, S.; Sasaki, T.; Manya, H.; Chiba, Y.; Yoshida, A.; Mizuno, M.; Ishida, H. K.; Ito, F.; Inazu, T.; Kotani, N.; Takasaki, S.; Takeuchi, M.; Endo, T. Glycobiology 2001, 11, 37; (b) Betenbaugh, M. J.; Tomiya, N.; Narang, S.; Hsu, J. T. A.; Lee, Y. C. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 601.
(25) Crispin, M.; Harvey, D. J.; Chang, V. T.; Yu, C.; Aricescu, A. R.; Jones, E. Y.; Davis, S. J.; Dwek, R. A.; Rudd, P. M. Glycobiology 2006, 16, 748.
(26) Matarrese, P.; Malorni, W. Cell Death Differ. 2005, 12, 932.
(27) Ullrich, C. K.; Groopman, J. E.; Ganju, R. K. Blood 2000, 96, 1438.
(28) (a) Wilen, C. B.; Tilton, J. C.; Doms, R. W. Viral Molecular Machines 2012, 726, 223; (b) Wilen, C. B.; Tilton, J. C.; Doms, R. W. Cold Spring Harbor perspectives in medicine 2012, 2.a006866.
(29) Perdomo, M. F.; Sallberg, M.; Vahlne, A. Aids. Res. Hum. Retrov. 2012, 28, 852.
(30) Gavazova, R.; Ivanov, D.; Borissov, K.; Genova-Kalou, P.; Raleva, S.; Dundarova, D.; Argirova, R. Cr. Acad. Bulg. Sci. 2011, 64, 231.
(31) Doores, K. J.; Bonomelli, C.; Harvey, D. J.; Vasiljevic, S.; Dwek, R. A.; Burton, D. R.; Crispin, M.; Scanlan, C. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A 2010, 107, 13800.
(32) Wang, L. W.; Qin, Y. L.; Ilchenko, S.; Bohon, J.; Shi, W. X.; Cho, M. W.; Takamoto, K.; Chance, M. R. Biochemistry 2010, 49, 9032.
(33) Pantophlet, R.; Burton, D. R. Annu. Rev. Immunol. 2006, 24, 739.
(34) Hessell, A. J.; Rakasz, E. G.; Poignard, P.; Hangartner, L.; Landucci, G.; Forthal, D. N.; Koff, W. C.; Watkins, D. I.; Burton, D. R. PLoS pathogens 2009, 5, e1000433.
(35) (a) Walker, L. M.; Huber, M.; Doores, K. J.; Falkowska, E.; Pejchal, R.; Julien, J. P.; Wang, S. K.; Ramos, A.; Chan-Hui, P. Y.; Moyle, M.; Mitcham, J. L.; Hammond, P. W.; Olsen, O. A.; Phung, P.; Fling, S.; Wong, C. H.; Phogat, S.; Wrin, T.; Simek, M. D.; Koff, W. C.; Wilson, I. A.; Burton, D. R.; Poignard, P.; Investigators, P. G. P. Nature 2011, 477, 466; (b) Pejchal, R.; Doores, K. J.; Walker, L. M.; Khayat, R.; Huang, P. S.; Wang, S. K.; Stanfield, R. L.; Julien, J. P.; Ramos, A.; Crispin, M.; Depetris, R.; Katpally, U.; Marozsan, A.; Cupo, A.; Maloveste, S.; Liu, Y.; McBride, R.; Ito, Y.; Sanders, R. W.; Ogohara, C.; Paulson, J. C.; Feizi, T.; Scanlan, C. N.; Wong, C. H.; Moore, J. P.; Olson, W. C.; Ward, A. B.; Poignard, P.; Schief, W. R.; Burton, D. R.; Wilson, I. A. Science 2011, 334, 1097.
(36) McLellan, J. S.; Pancera, M.; Carrico, C.; Gorman, J.; Julien, J. P.; Khayat, R.; Louder, R.; Pejchal, R.; Sastry, M.; Dai, K. F.; O'Dell, S.; Patel, N.; Shahzad-ul-Hussan, S.; Yang, Y. P.; Zhang, B. S.; Zhou, T. Q.; Zhu, J.; Boyington, J. C.; Chuang, G. Y.; Diwanji, D.; Georgiev, I.; Do Kwon, Y.; Lee, D.; Louder, M. K.; Moquin, S.; Schmidt, S. D.; Yang, Z. Y.; Bonsignori, M.; Crump, J. A.; Kapiga, S. H.; Sam, N. E.; Haynes, B. F.; Burton, D. R.; Koff, W. C.; Walker, L. M.; Phogat, S.; Wyatt, R.; Orwenyo, J.; Wang, L. X.; Arthos, J.; Bewley, C. A.; Mascola, J. R.; Nabel, G. J.; Schief, W. R.; Ward, A. B.; Wilson, I. A.; Kwong, P. D. Nature 2011, 480, 336.
(37) Mouquet, H.; Scharf, L.; Euler, Z.; Liu, Y.; Eden, C.; Scheid, J. F.; Halper-Stromberg, A.; Gnanapragasam, P. N. P.; Spencer, D. I. R.; Seaman, M. S.; Schuitemaker, H.; Feizi, T.; Nussenzweig, M. C.; Bjorkman, P. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A 2012, 109, E3268.
(38) (a) Joyce, J. G.; Krauss, I. J.; Song, H. C.; Opalka, D. W.; Grimm, K. M.; Nahas, D. D.; Esser, M. T.; Hrin, R.; Feng, M.; Dudkin, V. Y.; Chastain, M.; Shiver, J. W.; Danishefsky, S. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A 2008, 105, 15684; (b) Krauss, I. J.; Joyce, J. G.; Finnefrock, A. C.; Song, H. C.; Dudkin, V. Y.; Geng, X.; Warren, J. D.; Chastain, M.; Shiver, J. W.; Danishefsky, S. J. J Am Chem. Soc. 2007, 129, 11042.
(39) Ni, J.; Song, H.; Wang, Y.; Stamatos, N. M.; Wang, L. X. Bioconjugate chemistry 2006, 17, 493.
(40) Doores, K. J.; Fulton, Z.; Hong, V.; Patel, M. K.; Scanlan, C. N.; Wormald, M. R.; Finn, M. G.; Burton, D. R.; Wilson, I. A.; Davis, B. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A 2010, 107, 17107.
(41) (a) Unverzagt, C. Carbohydrate research 1997, 305, 423. (b) Wang, Z.; Chinoy, Z. S.; Ambre, S. G.; Peng, W.; McBride, R.; de Vries, R. P.; Glushka, J.; Paulson, J. C.; Boons, G. J. Science 2013, 341, 379.
(42) Thompson, A. J.; Williams, R. J.; Hakki, Z.; Alonzi, D. S.; Wennekes, T.; Gloster, T. M.; Songsrirote, K.; Thomas-Oates, J. E.; Wrodnigg, T. M.; Spreitz, J.; Stutz, A. E.; Butters, T. D.; Williams, S. J.; Davies, G. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A 2012, 109, 781.
(43) Ogawa, T.; Sugimoto, M.; Kitajima, T.; Sadozai, K. K.; Nukada, T. Tetrahedron Lett. 1986, 27, 5739.
(44) Paulsen, H.; Heume, M.; Nurnberger, H. Carbohydrate research 1990, 200, 127.
(45) Wang, P.; Zhu, J. L.; Yuan, Y.; Danishefsky, S. J. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 16669.
(46) (a) Unverzagt, C.; Gundel, G.; Eller, S.; Schuberth, R.; Seifert, J.; Weiss, H.; Niemietz, M.; Pischl, M.; Raps, C. Chemistry 2009, 15, 12292; (b) Unverzagt, C. Angew. Chem. Int .Ed. 1997, 36, 1989.
(47) (a) Dudkin, V. Y.; Crich, D. Tetrahedron Lett 2003, 44, 1787; (b) Crich, D.; Dai, Z. M. Tetrahedron 1999, 55, 1569.
(48) Paulson, J. C.; Blixt, O.; Collins, B. E. Nat. Chem. Biol. 2006, 2, 238.
(49) Blixt, O.; Head, S.; Mondala, T.; Scanlan, C.; Huflejt, M. E.; Alvarez, R.; Bryan, M. C.; Fazio, F.; Calarese, D.; Stevens, J.; Razi, N.; Stevens, D. J.; Skehel, J. J.; van Die, I.; Burton, D. R.; Wilson, I. A.; Cummings, R.; Bovin, N.; Wong, C. H.; Paulson, J. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A 2004, 101, 17033.
(50) (a) Feizi, T.; Fazio, F.; Chai, W.; Wong, C. H. Curr. Opin. Struct. Biol. 2003, 13, 637; (b) Fukui, S.; Feizi, T.; Galustian, C.; Lawson, A. M.; Chai, W. G. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 1011.
(51) (a) Wang, D. N.; Lu, J. H. Physiol Genomics 2004, 18, 245; (b) Wang, D. N.; Liu, S. Y.; Trummer, B. J.; Deng, C.; Wang, A. L. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 275.
(52) Fazio, F.; Bryan, M. C.; Blixt, O.; Paulson, J. C.; Wong, C. H. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 14397.
(53) Song, X. Z.; Xia, B. Y.; Stowell, S. R.; Lasanajak, Y.; Smith, D. F.; Cummings, R. D. Chem. Biol. 2009, 16, 36.
(54) Bohorov, O.; Andersson-Sand, H.; Hoffmann, J.; Blixt, O. Glycobiology 2006, 16, 21c.
(55) Oyelaran, O.; Gildersleeve, J. C. Curr. Opin. Chem. Biol. 2009, 13, 406.
(56) Wang, C. C.; Chen, J. R.; Tseng, Y. C.; Hsu, C. H.; Hung, Y. F.; Chen, S. W.; Chen, C. M.; Khoo, K. H.; Cheng, T. J.; Cheng, Y. S. E.; Jan, J. T.; Wu, C. Y.; Ma, C.; Wong, C. -H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A 2009, 106, 18137.
(57) Spassov, D. S.; Wong, C. H.; Harris, G.; McDonough, S.; Phojanakong, P.; Wang, D.; Hann, B.; Bazarov, A. V.; Yaswen, P.; Khanafshar, E.; Moasser, M. M. Oncogene 2012, 31, 419.
(58) (a) Ishiwata A.; Lee Y.J.; Ito Y. Org. Biomol. Chem. 2010, 8, 3596-3608. (b) Matsuo I.; Wada M.; Manabe S.; Yamaguchi Y.; Otake K.; Kato K.; Ito Y. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 3403-3403.
Chapter 2
(1) (a) Zhu, X. G.; Borchers, C.; Bienstock, R. J.; Tomer, K. B. Biochemistry2000, 39, 11194; (b) Cutalo, J. M.; Deterding, L. J.; Tomer, K. B. J. Am. Soc. Mass Spectr.2004, 15, 1545.
(2) (a) Doores, K. J.; Bonomcelli, C.; Harvey, D. J.; Vasiljevic, S.; Dwek, R. A.; Burton, D. R.; Crispin, M.; Scanlan, C. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A2010, 107, 13800; (b) Bonomelli, C.; Doores, K. J.; Dunlop, D. C.; Thaney, V.; Dwek, R. A.; Burton, D. R.; Crispin, M.; Scanlan, C. N. PloS One2011, 6, e23521.
(3) (a) Keeffe, J. R.; Gnanapragasam, P. N. P.; Gillespie, S. K.; Yong, J.; Bjorkman, P. J.; Mayo, S. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.2011, 108, 14079; (b) Buffa, V.; Stieh, D.; Mamhood, N.; Hu, Q. X.; Fletcher, P.; Shattock, R. J. J. Gen. Virol.2009, 90, 234.
(4) Calarese, D. A.; Scanlan, C. N.; Zwick, M. B.; Deechongkit, S.; Mimura, Y.; Kunert, R.; Zhu, P.; Wormald, M. R.; Stanfield, R. L.; Roux, K. H.; Kelly, J. W.; Rudd, P. M.; Dwek, R. A.; Katinger, H.; Burton, D. R.; Wilson, I. A. Science2003, 300, 2065.
(5) Walker, L. M.; Huber, M.; Doores, K. J.; Falkowska, E.; Pejchal, R.; Julien, J. P.; Wang, S. K.; Ramos, A.; Chan-Hui, P. Y.; Moyle, M.; Mitcham, J. L.; Hammond, P. W.; Olsen, O. A.; Phung, P.; Fling, S.; Wong, C. H.; Phogat, S.; Wrin, T.; Simek, M. D.; Koff, W. C.; Wilson, I. A.; Burton, D. R.; Poignard, P. Nature2011, 477, 466.
(6) Pejchal, R.; Doores, K. J.; Walker, L. M.; Khayat, R.; Huang, P. S.; Wang, S. K.; Stanfield, R. L.; Julien, J. P.; Ramos, A.; Crispin, M.; Depetris, R.; Katpally, U.; Marozsan, A.; Cupo, A.; Maloveste, S.; Liu, Y.; McBride, R.; Ito, Y.; Sanders, R. W.; Ogohara, C.; Paulson, J. C.; Feizi, T.; Scanlan, C. N.; Wong, C. H.; Moore, J. P.; Olson, W. C.; Ward, A. B.; Poignard, P.; Schief, W. R.; Burton, D. R.; Wilson, I. A. Science2011, 334, 1097.
(7) McLellan, J. S.; Pancera, M.; Carrico, C.; Gorman, J.; Julien, J. P.; Khayat, R.; Louder, R.; Pejchal, R.; Sastry, M.; Dai, K.; O'Dell, S.; Patel, N.; Shahzad-ul-Hussan, S.; Yang, Y.; Zhang, B.; Zhou, T.; Zhu, J.; Boyington, J. C.; Chuang, G. Y.; Diwanji, D.; Georgiev, I.; Kwon, Y. D.; Lee, D.; Louder, M. K.; Moquin, S.; Schmidt, S. D.; Yang, Z. Y.; Bonsignori, M.; Crump, J. A.; Kapiga, S. H.; Sam, N. E.; Haynes, B. F.; Burton, D. R.; Koff, W. C.; Walker, L. M.; Phogat, S.; Wyatt, R.; Orwenyo, J.; Wang, L. X.; Arthos, J.; Bewley, C. A.; Mascola, J. R.; Nabel, G. J.; Schief, W. R.; Ward, A. B.; Wilson, I. A.; Kwong, P. D. Nature2011, 480, 336.
(8) (a) Mandal, M.; Dudkin, V. Y.; Geng, X.; Danishefsky, S. J. Angew. Chem. Int. Ed.2004, 43, 2557; (b) Geng, X.; Dudkin, V. Y.; Mandal, M.; Danishefsky, S. J. Angew. Chem. Int. Ed. 2004, 43, 2562.
(9) Matsuo, I.; Wada, M.; Manabe, S.; Yamaguchi, Y.; Otake, K.; Kato, K.; Ito, Y. J. Am. Chem. Soc.2003, 125, 3402.
(10) Amin, M. N.; Huang, W.; Mizanur, R. M.; Wang, L. X. J. Am. Chem. Soc.2011, 133, 14404.
(11) Doores, K. J.; Fulton, Z.; Hong, V.; Patel, M. K.; Scanlan, C. N.; Wormald, M. R.; Finn, M. G.; Burton, D. R.; Wilson, I. A.; Davis, B. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.2010, 107, 17107.
(12) Calarese, D. A.; Lee, H. K.; Huang, C. Y.; Best, M. D.; Astronomo, R. D.; Stanfield, R. L.; Katinger, H.; Burton, D. R.; Wong, C. H.; Wilson, I. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.2005, 102, 13372.
(13) Lemieux, R. U.; Hendriks, K. B.; Stick, R. V.; James, K. J. Am. Chem. Soc.1975, 97, 4056.
 
Chapter 3
(1) Hansen, J. E. S.; Nielsen, C. M.; Nielsen, C.; Heegaard, P.; Mathiesen, L. R.; Nielsen, J. O. AIDS (London, England)1989, 3, 635.
(2) Leonard, C. K.; Spellman, M. W.; Riddle, L.; Harris, R. J.; Thomas, J. N.; Gregory, T. J. J.Biol.Chem.1990, 265, 10373.
(3) Binley, J. M.; Ban, Y. E. A.; Crooks, E. T.; Eggink, D.; Osawa, K.; Schief, W. R.; Sanders, R. W. J. Virol. 2010, 84, 5637.
(4) Mouquet, H.; Scharf, L.; Euler, Z.; Liu, Y.; Eden, C.; Scheid, J. F.; Halper-Stromberg, A.; Gnanapragasam, P. N. P.; Spencer, D. I. R.; Seaman, M. S.; Schuitemaker, H.; Feizi, T.; Nussenzweig, M. C.; Bjorkman, P. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.2012, 109, E3268.
(5) Pancera, M.; Yang, Y. P.; Louder, M. K.; Gorman, J.; Lu, G.; McLellan, J. S.; Stuckey, J.; Zhu, J.; Burton, D. R.; Koff, W. C.; Mascola, J. R.; Kwong, P. D. PloS one.2013, 8.
(6) Zhu, X. G.; Borchers, C.; Bienstock, R. J.; Tomer, K. B. Biochemistry.2000, 39, 11194.
(7) Calarese, D. A.; Scanlan, C. N.; Zwick, M. B.; Deechongkit, S.; Mimura, Y.; Kunert, R.; Zhu, P.; Wormald, M. R.; Stanfield, R. L.; Roux, K. H.; Kelly, J. W.; Rudd, P. M.; Dwek, R. A.; Katinger, H.; Burton, D. R.; Wilson, I. A. Science.2003, 300, 2065.
(8) Julien, J. P.; Sok, D.; Khayat, R.; Lee, J. H.; Doores, K. J.; Walker, L. M.; Ramos, A.; Diwanji, D. C.; Pejchal, R.; Cupo, A.; Katpally, U.; Depetris, R. S.; Stanfield, R. L.; McBride, R.; Marozsan, A. J.; Paulson, J. C.; Sanders, R. W.; Moore, J. P.; Burton, D. R.; Poignard, P.; Ward, A. B.; Wilson, I. A. PLoS Pathogens.2013, 9, e1003342.
(9) Pancera, M.; Shahzad-Ul-Hussan, S.; Doria-Rose, N. A.; McLellan, J. S.; Bailer, R. T.; Dai, K.; Loesgen, S.; Louder, M. K.; Staupe, R. P.; Yang, Y.; Zhang, B.; Parks, R.; Eudailey, J.; Lloyd, K. E.; Blinn, J.; Alam, S. M.; Haynes, B. F.; Amin, M. N.; Wang, L. X.; Burton, D. R.; Koff, W. C.; Nabel, G. J.; Mascola, J. R.; Bewley, C. A.; Kwong, P. D. Nat. Struct Mol. Biol.2013.
(10) (a) Wyatt, R.; Kwong, P. D.; Desjardins, E.; Sweet, R. W.; Robinson, J.; Hendrickson, W. A.; Sodroski, J. G. Nature.1998, 393, 705; (b) Choi, B. K.; Bobrowicz, P.; Davidson, R. C.; Hamilton, S. R.; Kung, D. H.; Li, H. J.; Miele, R. G.; Nett, J. H.; Wildt, S.; Gerngross, T. U. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.2003, 100, 5022.
(11) (a) Mizuochi, T.; Spellman, M. W.; Larkin, M.; Solomon, J.; Basa, L. J.; Feizi, T. Biochem. 1988, 254, 599; (b) Pabst, M.; Chang, M.; Stadlmann, J.; Altmann, F. Biol.Chem. 2012, 393, 719.
(12) (a) Schwardt, O.; Visekruna, T.; Rabbani, S.; Ernst, B. Chimia2006, 60, 234; (b) Rabbani, S.; Schwardt, O.; Ernst, B. Chimia.2006, 60, 23.
(13) Ichikawa, Y.; Lin, Y. C.; Dumas, D. P.; Shen, G. J.; Garciajunceda, E.; Williams, M. A.; Bayer, R.; Ketcham, C.; Walker, L. E.; Paulson, J. C.; Wong, C. H. J. Am. Chem. Soc.1992, 114, 9283.
(14) (a) Wong, C. H.; Ichikawa, Y.; Look, G. Abstr. Pap. Am. Chem. Soc. 1992, 204, 1; (b) Yu, H.; Huang, S. S.; Chokhawala, H.; Sun, M. C.; Zheng, H. J.; Chen, X. Angew. Chem. Int. Ed.2006, 45, 3938.
(15) Takakura, Y.; Tsukamoto, H.; Yamamoto, T. J. Biochem.2007, 142, 403.
(16) Tsukamoto, H.; Takakura, Y.; Mine, T.; Yamamoto, T. J. Biochem.2008, 143, 187.
 
Chapter 4
(1) (a) Paulson, J. C.; Blixt, O.; Collins, B. E. Nature chemical biology.2006, 2, 238; (b) Rillahan, C. D.; Paulson, J. C. Annu. Rev.Biochem. Vol 802011, 80, 797.
(2) Wang, D. N.; Liu, S. Y.; Trummer, B. J.; Deng, C.; Wang, A. L. Nat. Biotechnol.2002, 20, 275.
(3) Fukui, S.; Feizi, T.; Galustian, C.; Lawson, A. M.; Chai, W. G. Nat. Biotechnol.2002, 20, 1011.
(4) Fazio, F.; Bryan, M. C.; Blixt, O.; Paulson, J. C.; Wong, C. -H. J. Am. Chem. Soc.2002, 124, 14397.
(5) (a) Oyelaran, O.; Gildersleeve, J. C. Curr. Opin. Chem. Biol.2009, 13, 406; (b) Song, X. Z.; Xia, B. Y.; Stowell, S. R.; Lasanajak, Y.; Smith, D. F.; Cummings, R. D. Chem. Biol.2009, 16, 36.
(6) Bohorov, O.; Andersson-Sand, H.; Hoffmann, J.; Blixt, O. Glycobiology.2006, 16, 21c.
(7) Park, S.; Gildersleeve, J. C.; Blixt, O.; Shin, I. Chem. Soc. Rev.2013, 42, 4310.
(8) Blixt, O.; Head, S.; Mondala, T.; Scanlan, C.; Huflejt, M. E.; Alvarez, R.; Bryan, M. C.; Fazio, F.; Calarese, D.; Stevens, J.; Razi, N.; Stevens, D. J.; Skehel, J. J.; van Die, I.; Burton, D. R.; Wilson, I. A.; Cummings, R.; Bovin, N.; Wong, C. H.; Paulson, J. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A.2004, 101, 17033.
(9) (a) Tseng, S. Y.; Wang, C. C.; Lin, C. W.; Chen, C. L.; Yu, W. Y.; Chen, C. H.; Wu, C. Y.; Wong, C. -H. Chemistry, an Asian journal.2008, 3, 1395; (b) Chang, S. H.; Han, J. L.; Tseng, S. Y.; Lee, H. Y.; Lin, C. W.; Lin, Y. C.; Jeng, W. Y.; Wang, A. H.; Wu, C. Y.; Wong, C. -H. J. Am. Chem. Soc.2010, 132, 13371.
(10) (a) Walker, L. M.; Huber, M.; Doores, K. J.; Falkowska, E.; Pejchal, R.; Julien, J. P.; Wang, S. K.; Ramos, A.; Chan-Hui, P. Y.; Moyle, M.; Mitcham, J. L.; Hammond, P. W.; Olsen, O. A.; Phung, P.; Fling, S.; Wong, C. H.; Phogat, S.; Wrin, T.; Simek, M. D.; Koff, W. C.; Wilson, I. A.; Burton, D. R.; Poignard, P.; Investigators, P. G. P. Nature.2011, 477, 466; (b) Walker, L. M.; Phogat, S. K.; Chan-Hui, P. Y.; Wagner, D.; Phung, P.; Goss, J. L.; Wrin, T.; Simek, M. D.; Fling, S.; Mitcham, J. L.; Lehrman, J. K.; Priddy, F. H.; Olsen, O. A.; Frey, S. M.; Hammond, P. W.; Kaminsky, S.; Zamb, T.; Moyle, M.; Koff, W. C.; Poignard, P.; Burton, D. R.; Investigators, P. G. P. Science.2009, 326, 285.
(11) Pejchal, R.; Doores, K. J.; Walker, L. M.; Khayat, R.; Huang, P. S.; Wang, S. K.; Stanfield, R. L.; Julien, J. P.; Ramos, A.; Crispin, M.; Depetris, R.; Katpally, U.; Marozsan, A.; Cupo, A.; Maloveste, S.; Liu, Y.; McBride, R.; Ito, Y.; Sanders, R. W.; Ogohara, C.; Paulson, J. C.; Feizi, T.; Scanlan, C. N.; Wong, C. H.; Moore, J. P.; Olson, W. C.; Ward, A. B.; Poignard, P.; Schief, W. R.; Burton, D. R.; Wilson, I. A. Science.2011, 334, 1097.
(12) (a) McLellan, J. S.; Pancera, M.; Carrico, C.; Gorman, J.; Julien, J. P.; Khayat, R.; Louder, R.; Pejchal, R.; Sastry, M.; Dai, K.; O'Dell, S.; Patel, N.; Shahzad-ul-Hussan, S.; Yang, Y.; Zhang, B.; Zhou, T.; Zhu, J.; Boyington, J. C.; Chuang, G. Y.; Diwanji, D.; Georgiev, I.; Kwon, Y. D.; Lee, D.; Louder, M. K.; Moquin, S.; Schmidt, S. D.; Yang, Z. Y.; Bonsignori, M.; Crump, J. A.; Kapiga, S. H.; Sam, N. E.; Haynes, B. F.; Burton, D. R.; Koff, W. C.; Walker, L. M.; Phogat, S.; Wyatt, R.; Orwenyo, J.; Wang, L. X.; Arthos, J.; Bewley, C. A.; Mascola, J. R.; Nabel, G. J.; Schief, W. R.; Ward, A. B.; Wilson, I. A.; Kwong, P. D. Nature. 2011, 480, 336; (b) Pancera, M.; Shahzad-Ul-Hussan, S.; Doria-Rose, N. A.; McLellan, J. S.; Bailer, R. T.; Dai, K.; Loesgen, S.; Louder, M. K.; Staupe, R. P.; Yang, Y.; Zhang, B.; Parks, R.; Eudailey, J.; Lloyd, K. E.; Blinn, J.; Alam, S. M.; Haynes, B. F.; Amin, M. N.; Wang, L. X.; Burton, D. R.; Koff, W. C.; Nabel, G. J.; Mascola, J. R.; Bewley, C. A.; Kwong, P. D. Nat .Struct. Mol. Biol.2013.
(13) Mouquet, H.; Scharf, L.; Euler, Z.; Liu, Y.; Eden, C.; Scheid, J. F.; Halper-Stromberg, A.; Gnanapragasam, P. N. P.; Spencer, D. I. R.; Seaman, M. S.; Schuitemaker, H.; Feizi, T.; Nussenzweig, M. C.; Bjorkman, P. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A.2012, 109, E3268.
(14) Walker, L. M.; Huber, M.; Doores, K. J.; Falkowska, E.; Pejchal, R.; Julien, J. P.; Wang, S. K.; Ramos, A.; Chan-Hui, P. Y.; Moyle, M.; Mitcham, J. L.; Hammond, P. W.; Olsen, O. A.; Phung, P.; Fling, S.; Wong, C. H.; Phogat, S.; Wrin, T.; Simek, M. D.; Koff, W. C.; Wilson, I. A.; Burton, D. R.; Poignard, P. Nature.2011, 477, 466.
(15) Julien, J. P.; Sok, D.; Khayat, R.; Lee, J. H.; Doores, K. J.; Walker, L. M.; Ramos, A.; Diwanji, D. C.; Pejchal, R.; Cupo, A.; Katpally, U.; Depetris, R. S.; Stanfield, R. L.; McBride, R.; Marozsan, A. J.; Paulson, J. C.; Sanders, R. W.; Moore, J. P.; Burton, D. R.; Poignard, P.; Ward, A. B.; Wilson, I. A. PLoS Pathogens.2013, 9, e1003342.
Chapter 5
1) Sax, P. E.; Baden, L. R. N. Engl.J.Med. 2009, 360, 1897.
(2) Excler, J. L.; Tomaras, G. D.; Russell, N. D. Curr. Opin. Hiv. Aids.2013.
(3) (a) Pantaleo, G.; Esteban, M.; Jacobs, B.; Tartaglia, J. Curr. Opin. Hiv. Aids.2010, 5, 391; (b) Schief, W. R.; Ban, Y. E.; Stamatatos, L. Curr. Opin. Hiv. Aids.2009, 4, 431; (c) Pantophlet, R.; Burton, D. R. Annu.Rev.Immunol.2006, 24, 739.
(4) Koff, W. C. Vaccine2012, 30, 4310.
(5) (a) Joyce, J. G.; Krauss, I. J.; Song, H. C.; Opalka, D. W.; Grimm, K. M.; Nahas, D. D.; Esser, M. T.; Hrin, R.; Feng, M.; Dudkin, V. Y.; Chastain, M.; Shiver, J. W.; Danishefsky, S. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A2008, 105, 15684; (b) Wang, L. X. Curr.Opin.Drug Disco.Develop.2006, 9, 194.
(6) Simek, M. D.; Rida, W.; Priddy, F. H.; Pung, P.; Carrow, E.; Laufer, D. S.; Lehrman, J. K.; Boaz, M.; Tarragona-Fiol, T.; Miiro, G.; Birungi, J.; Pozniak, A.; McPhee, D. A.; Manigart, O.; Karita, E.; Inwoley, A.; Jaoko, W.; Dehovitz, J.; Bekker, L. G.; Pitisuttithum, P.; Paris, R.; Walker, L. M.; Poignard, P.; Wrin, T.; Fast, P. E.; Burton, D. R.; Koff, W. C. J.Virol.2009, 83, 7337.
(7) Walker, L. M.; Huber, M.; Doores, K. J.; Falkowska, E.; Pejchal, R.; Julien, J. P.; Wang, S. K.; Ramos, A.; Chan-Hui, P. Y.; Moyle, M.; Mitcham, J. L.; Hammond, P. W.; Olsen, O. A.; Phung, P.; Fling, S.; Wong, C. H.; Phogat, S.; Wrin, T.; Simek, M. D.; Koff, W. C.; Wilson, I. A.; Burton, D. R.; Poignard, P. Nature2011, 477, 466.
(8) Hevey, R.; Ling, C. C. Future Med. Chem.2012, 4, 545.
(9) (a) Godfrey, D. I.; Rossjohn, J. The Journal of experimental medicine2011, 208, 1121; (b) Van Kaer, L.; Parekh, V. V.; Wu, L. Immunotherapy-Uk2011, 3, 59.
(10) Huang, Y. L.; Hung, J. T.; Cheung, S. K.; Lee, H. Y.; Chu, K. C.; Li, S. T.; Lin, Y. C.; Ren, C. T.; Cheng, T. J.; Hsu, T. L.; Yu, A. L.; Wu, C. Y.; Wong, C. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A.2013, 110, 2517.
(11) Walker, L. M.; Huber, M.; Doores, K. J.; Falkowska, E.; Pejchal, R.; Julien, J. P.; Wang, S. K.; Ramos, A.; Chan-Hui, P. Y.; Moyle, M.; Mitcham, J. L.; Hammond, P. W.; Olsen, O. A.; Phung, P.; Fling, S.; Wong, C. H.; Phogat, S.; Wrin, T.; Simek, M. D.; Koff, W. C.; Wilson, I. A.; Burton, D. R.; Poignard, P.; Investigators, P. G. P. Nature2011, 477, 466;
(12) Walker, L. M.; Phogat, S. K.; Chan-Hui, P. Y.; Wagner, D.; Phung, P.; Goss, J. L.; Wrin, T.; Simek, M. D.; Fling, S.; Mitcham, J. L.; Lehrman, J. K.; Priddy, F. H.; Olsen, O. A.; Frey, S. M.; Hammond, P. W.; Kaminsky, S.; Zamb, T.; Moyle, M.; Koff, W. C.; Poignard, P.; Burton, D. R.; Investigators, P. G. P. Science2009, 326, 285.
(13) Pejchal, R.; Doores, K. J.; Walker, L. M.; Khayat, R.; Huang, P. S.; Wang, S. K.; Stanfield, R. L.; Julien, J. P.; Ramos, A.; Crispin, M.; Depetris, R.; Katpally, U.; Marozsan, A.; Cupo, A.; Maloveste, S.; Liu, Y.; McBride, R.; Ito, Y.; Sanders, R. W.; Ogohara, C.; Paulson, J. C.; Feizi, T.; Scanlan, C. N.; Wong, C. H.; Moore, J. P.; Olson, W. C.; Ward, A. B.; Poignard, P.; Schief, W. R.; Burton, D. R.; Wilson, I. A. Science2011, 334, 1097.
(14) McLellan, J. S.; Pancera, M.; Carrico, C.; Gorman, J.; Julien, J. P.; Khayat, R.; Louder, R.; Pejchal, R.; Sastry, M.; Dai, K.; O'Dell, S.; Patel, N.; Shahzad-ul-Hussan, S.; Yang, Y.; Zhang, B.; Zhou, T.; Zhu, J.; Boyington, J. C.; Chuang, G. Y.; Diwanji, D.; Georgiev, I.; Kwon, Y. D.; Lee, D.; Louder, M. K.; Moquin, S.; Schmidt, S. D.; Yang, Z. Y.; Bonsignori, M.; Crump, J. A.; Kapiga, S. H.; Sam, N. E.; Haynes, B. F.; Burton, D. R.; Koff, W. C.; Walker, L. M.; Phogat, S.; Wyatt, R.; Orwenyo, J.; Wang, L. X.; Arthos, J.; Bewley, C. A.; Mascola, J. R.; Nabel, G. J.; Schief, W. R.; Ward, A. B.; Wilson, I. A.; Kwong, P. D. Nature2011, 480, 336;
(15) Pancera, M.; Shahzad-Ul-Hussan, S.; Doria-Rose, N. A.; McLellan, J. S.; Bailer, R. T.; Dai, K.; Loesgen, S.; Louder, M. K.; Staupe, R. P.; Yang, Y.; Zhang, B.; Parks, R.; Eudailey, J.; Lloyd, K. E.; Blinn, J.; Alam, S. M.; Haynes, B. F.; Amin, M. N.; Wang, L. X.; Burton, D. R.; Koff, W. C.; Nabel, G. J.; Mascola, J. R.; Bewley, C. A.; Kwong, P. D. Nat. Struct. Mol. Biol.2013.
(16) Mouquet, H.; Scharf, L.; Euler, Z.; Liu, Y.; Eden, C.; Scheid, J. F.; Halper-Stromberg, A.; Gnanapragasam, P. N. P.; Spencer, D. I. R.; Seaman, M. S.; Schuitemaker, H.; Feizi, T.; Nussenzweig, M. C.; Bjorkman, P. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A.2012, 109, E3268.
(17) Walker, L. M.; Huber, M.; Doores, K. J.; Falkowska, E.; Pejchal, R.; Julien, J. P.; Wang, S. K.; Ramos, A.; Chan-Hui, P. Y.; Moyle, M.; Mitcham, J. L.; Hammond, P. W.; Olsen, O. A.; Phung, P.; Fling, S.; Wong, C. H.; Phogat, S.; Wrin, T.; Simek, M. D.; Koff, W. C.; Wilson, I. A.; Burton, D. R.; Poignard, P. Nature2011, 477, 466.
(18) Julien, J. P.; Sok, D.; Khayat, R.; Lee, J. H.; Doores, K. J.; Walker, L. M.; Ramos, A.; Diwanji, D. C.; Pejchal, R.; Cupo, A.; Katpally, U.; Depetris, R. S.; Stanfield, R. L.; McBride, R.; Marozsan, A. J.; Paulson, J. C.; Sanders, R. W.; Moore, J. P.; Burton, D. R.; Poignard, P.; Ward, A. B.; Wilson, I. A. PLoS pathogens2013, 9, e1003342.
dc.identifier.urihttp://tdr.lib.ntu.edu.tw/jspui/handle/123456789/6056-
dc.description.abstract發展以醣質為抗原之HIV-1疫苗: 設計、合成、以及免疫評估
愛滋病是由於受到人類免疫缺陷病毒(HIV)的感染,導致後天性細胞免疫功能出現缺陷所造成的一種致命性疾病。發展出有效抗HIV疫苗,一直被認為是最有希望控制全球愛滋病毒/愛滋病流行的一種方式。然而疫苗發展主要的挑戰在於如何設計出抗原結構,進而產生出廣泛性中和抗體,有效的殺滅病毒。愛滋病毒用於躲避抗體毒殺的主要機制,乃是以多種不同的N型鍵結寡醣來遮蔽其位於病毒表面的醣蛋白gp120。最近的研究顯示 在愛滋病患體內分離出一種新類型的廣泛性中和抗體,能夠經由辨識醣蛋白gp120 上的N型鍵結寡醣,進而對於HIV-1 病毒株以及它的各種突變類型皆能有效的加以毒殺。此結果揭示利用特殊結構的寡醣分子作為疫苗抗原,來產生廣泛性中和抗體治療愛滋病的可行性。若能深入了解抗體與N型鍵結寡醣間的辨識機制,將有助於設計出最有效的疫苗抗原。
本論文描述利用化學以及酵素的合成方式,來合成各種與醣蛋白gp120 相關的N型鍵結寡醣結構,包括各種高甘露醣型、混合型、以及複雜型的N型鍵結寡醣。這些N型鍵結寡醣分子將用於建立醣分子庫,並結合醣晶片的技術,來剖析這些醣分子與各種已知抗HIV-1廣泛性中和抗體 (PG9, PG16, PGTs 121, 128, 141-145)間的結合專一性。此研究發現利用氧化鋁包覆玻片的醣晶片的技術,可以偵測到抗體與醣分子間微弱但非常重要的結合作用力。分析結果顯示,有些高效價的抗HIV-1廣泛性中和抗體,對於非均質的醣分子混合體 (包含兩種醣分子以不同比例混合)的結合力較對於均質的醣分子更強。這種現象可能是為了因應病毒表面醣蛋白非均質化的醣化情形,宿主人類的免疫系統所採取的對應手段。
經由以上醣晶片研究結果,提供了設計疫苗所需醣抗原分子的基本結構,依照這些基本結構可用來設計與合成疫苗所需的醣共軛體,繼而用以進行免疫學上的研究,觀察此疫苗是否能誘導產生廣泛性中和抗體,以及抗體是否能與各種HIV 病毒上的醣蛋白gp120作結合,進而消滅病毒。
關鍵詞: HIV-1疫苗,N型鍵結寡醣,以醣質為基礎的疫苗抗原,廣泛性中和抗體,醣共軛體,醣合成。
zh_TW
dc.description.abstractAbstract
An HIV vaccine continues to be the best hope to end the HIV pandemics. The challenge of HIV vaccine development is to design the immunogens to induce the antibodies that can have broadly neutralizing activities. An effective mechanism that HIV uses to avoid attacks of neutralizing antibodies is to coat envelope gp120 with heterogeneous N-linked carbohydrate structures. Recently, a class of broadly neutralizing antibodies (bNAbs), isolated from HIV positive donors, was shown to be potent in neutralizing primary HIV-1 strains across clades by targeting the glycan dependent epitopes on gp120 surface, demonstrating the feasibility of inducing such antibodies. Understanding the molecular mechanism of the HIV-gp120 glycan coat recognition by bNAbs may guide effective immunogen design.
This thesis describes the efficient chemical and enzymatic syntheses of diverse HIV-1 gp120 related high-mannose, hybrid, and complex type N-glycans. A well defined library of natural and unnatural N-glycan structures was used to develop glycan microarray platform for profiling glycan binding specificities of HIV-1 bNAbs, PG9, PG16, PGTs 121, 128, and 141-145. With the next generation array on aluminium oxide-coated glass (ACG) slide, the critical low affinity antibody-carbohydrate interactions were detected. In addition, we showed that a few highly potent HIV-1 broadly neutralizing antibodies exhibit strong binding to closely spaced hetero-glycans on array surface, suggesting that this phenomenon might be an important adaptation of host immune system to deal with heterogeneously glycosylated HIV-1 spike.
The microarray studies of glycan binding specificities of HIV-1 bNAbs established a structural basis for designs of immunogens based on epitopes recognized by these antibodies. Finally, the immunological evaluation of carbohydrate-based immunogens was performed to investigate whether the synthetic glycoconjugates can induce broadly neutralizing antibodies that can cross react with HIV-gp120.
Keywords HIV-1 vaccine, N-linked oligosaccharides, carbohydrate-based immunogens, broadly neutralizing antibodies, glycoconjugates, carbohydrate synthesis.
en
dc.description.provenanceMade available in DSpace on 2021-05-16T16:20:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1
ntu-102-D97b46019-1.pdf: 22699335 bytes, checksum: c4fc0655919413dbf57c409725f017ee (MD5)
Previous issue date: 2013
en
dc.description.tableofcontentsTable of Contents
1. Introduction and Background
1.1. Introduction………………..……………..…………………………………... 11
1.2. Glycosylation in Biological Systems……………………………….………... 12
1.3. Glycans and Pathogenic Infections………………………….…………….…. 13
1.4. Glycan Biosynthesis Pathway in Secretary System………………….....……. 13
1.5. Glycobiology of HIV………………………………………………………… 14
1.6. HIV-1 gp120 and Neutralizing Antibodies…..…………………..………….. 18
1.7. Carbohydrate Based HIV Vaccines……………………………………….….. 20
1.8. The Chemical Synthesis of N-linked Oligosaccharides…………………….... 22
1.9. Carbohydrate Microarray: A Powerful Tool in Glycobiology……………….. 26
1.10. Dissertation Objective….…………………………………….…….….……... 27
1.11. References………………………………………………………………........... 29
2. Synthesis of High Mannose Type Oligosaccharides
2.1. Introduction…………………………………………………………………... 34
2.2. Significance of High Mannose Type Glycans for HIV-1…………………… 34
2.3. Identification of High Mannose Type Glycan Targets……………………… 36
2.4. Retrosynthesis ............................…...……………………………………….. 37
2.5. Synthesis of Core Trisachharide………..…………………………………… 38
2.6. Synthesis of D1 and D2/D3 Arm Building Blocks…………..……………… 39
2.7. Assembly of Man3/5GlcNAc2………………………………..……………… 40
2.8. Assembly of Man9GlcNAc.……………………………………………...….. 42
2.9. Synthesis of Paucimannose Type Oligosaccharides…………………...…… 43
2.10. Applications to Biology……………………………………………………... 44
2.11. References…………………………………………………………………………...……. 45
3. Synthesis of Hybrid and Complex Type Glycans
3.1. Introduction………………………………………………………………..…. 47
3.2. Significance of Hybrid and Complex Type Glycans for HIV-1…………….. 47
3.3. Identification of Hybrid and Complex Type Glycan Targets……………….. 49
3.4. Retrosynthesis…………………..…………………………………………………………… 51
3.5. Synthesis of D1 and D2/D3 Arm Building Blocks………………………….. 52
3.6. Assembly of Hybrid and Complex Type Oligosaccharides…………………. 55
3.7. Enzymatic Sialylation of Hybrid and Complex Type Glycans……………… 58
3.8. Applications to Biology………..……………………………………………. 61
3.9. References……………………………………………………………………………......... 62
4. Carbohydrate Microarray : Synthetic Tools for Glycobiology
4.1. Introduction…………………………………………………………………..... 64
4.2. Design and Construction of Glycan Microarray………………………..….... 65
4.3. Synthetic Oligosaccharides for Microarray Studies ………………………… 67
4.4. Synthetic N-linked Oligosaccharides for Microarray Studies………………. 68
4.5. Microarray Analysis….…………………………………………………….... 69
4.6. Glycan Binding Specificities Profiling of HIV-1 bNAbs…………………… 72
4.7. Analyzing Hetero-Glycans Binding Specificity of HIV-1 bNAbs………….. 79
4.8. Summary and Conclusion…….……..………………………………………. 83
4.9. References…………………………..…………......………………………… 84
5. Design and Synthesis and Immunological Evaluation of Carbohydrate-based Antigens.
5.1. Introduction…………………………………………………………………..……………... 86
5.2. Identification of Carbohydrate Dependent Antigenic Epitopes......…………. 87
5.3. Synthesis of Glycoconjugate……………...….……………………………… 89
5.4. Mice Immunization Studies…………..……………………………………... 97
5.5. Binding of Pooled Mice Antisera to HIV-1 gp120 Glycoproteins. ………… 101
5.6. Summary and Conclusion….…………..……………………………………. 102
5.7. References…………………………………………………………………….. 103
6. Experimental
6.1. General Methods.……...……...………………………………………….….. 106
6.2. Experimental for Chapter 2………………………..………………………… 108
6.3. Experimental for Chapter 3...……………………...………………………… 143
6.4. Experimental for Chapter 4………………………..………………………… 190
6.5. Experimental for Chapter 5……………………….………………………… 197
Appendix A: - Selected Spectra’s….………………………………………………...
Biographical Notes…………………………………….…………………………….
dc.language.isoen
dc.title發展以醣質為抗原之HIV-1疫苗: 設計、合成、以及免疫評估zh_TW
dc.titleDesign, Synthesis, and Immunological Evaluation of Carbohydrate-Based Immunogens for Development of HIV-1 Vaccineen
dc.typeThesis
dc.date.schoolyear102-1
dc.description.degree博士
dc.contributor.coadvisor吳宗益(Chung-Yi Wu)
dc.contributor.oralexamcommittee洪上程(Shang-Cheng Hung),吳世雄 博士(Shih-Hsiung Wu),林俊宏 博士(Chun-Hung Lin)
dc.subject.keywordHIV-1疫苗,N型鍵結寡醣,以醣質為基礎的疫苗抗原,廣泛性中和抗體,醣共軛體,醣合成,zh_TW
dc.subject.keywordHIV-1 vaccine,N-linked oligosaccharides,carbohydrate-based immunogens,broadly neutralizing antibodies,glycoconjugates,carbohydrate synthesis,en
dc.relation.page276
dc.rights.note同意授權(全球公開)
dc.date.accepted2013-11-04
dc.contributor.author-college生命科學院zh_TW
dc.contributor.author-dept生化科學研究所zh_TW
顯示於系所單位:生化科學研究所

文件中的檔案:
檔案 大小格式 
ntu-102-1.pdf22.17 MBAdobe PDF檢視/開啟
顯示文件簡單紀錄


系統中的文件,除了特別指名其著作權條款之外,均受到著作權保護,並且保留所有的權利。

社群連結
聯絡資訊
10617臺北市大安區羅斯福路四段1號
No.1 Sec.4, Roosevelt Rd., Taipei, Taiwan, R.O.C. 106
Tel: (02)33662353
Email: ntuetds@ntu.edu.tw
意見箱
相關連結
館藏目錄
國內圖書館整合查詢 MetaCat
臺大學術典藏 NTU Scholars
臺大圖書館數位典藏館
本站聲明
© NTU Library All Rights Reserved