山區鼠類的消化道菌相研究

Abstract

本研究使用野外採集之台灣山區鼠類作為實驗對象，用以探討其消化道內的各類菌種。利用PCR方法增幅原核生物特有的16S rRNA基因片段，並透過 sequencing的分子生物技術，獲得大量序列進行比對分析，建立不同腸道樣本之細菌與古生菌的16S rRNA基因資料庫。 選用巢鼠與高山田鼠作為消化道古生菌相之研究對象。分析十個腸道樣本，獲得共117條古生菌序列，全部序列彼此間的相似度超過98%，定義為同一個操作分類單元 (OTU)，與NCBI資料庫的比對結果，相近於Crenarchaeota門的group C1b，為嗜中溫性之土壤古生菌群。 選用台灣森鼠作為消化道細菌相之研究對象。分析小腸、盲腸與大腸樣本，獲得共386條細菌序列，可分為11的大群，佔細菌界中的6個門 (phylum)，分別為Firmicutes (42.26%)、Proteobacteria (42.23%)、Deinococcus-Thermus (9.84%)、Verrucomicrobia (2.33%)、Cyanobacteria (1.81%) 與Actinobacteria (0.52%)。各項多樣性分析結果均顯示：森鼠盲腸與大腸樣本所含之細菌物種，遠較小腸樣本來得豐富多樣。 所得之古生菌與細菌的16S rRNA基因資料庫，可作為山區老鼠族群之消化道菌相研究的基礎資料。未來可比較不同物種與不同個體之間消化道菌相組成的差異程度，並用以探討古生菌與細菌之間的交互作用與比例關係，藉此了解野生動物體內之共生性微生物所扮演的角色功能。