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  1. NTU Theses and Dissertations Repository
  2. 生物資源暨農學院
  3. 園藝暨景觀學系
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dc.contributor.advisor許 輔
dc.contributor.authorTsai-Jen Wuen
dc.contributor.author吳綵籈zh_TW
dc.date.accessioned2021-06-08T05:01:51Z-
dc.date.copyright2010-10-05
dc.date.issued2010
dc.date.submitted2010-09-17
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dc.identifier.urihttp://tdr.lib.ntu.edu.tw/jspui/handle/123456789/23454-
dc.description.abstract台灣金線連 (Anoectochilus formosanus Hayata) 是具有台灣地域意義的保健植物,本研究室先前已純化發現金線連免疫調節蛋白 IPAF,分子量為 14 kDa,等電點為 5.4。IPAF 可透過細胞表面受器 TLR4 活化小鼠巨噬細胞,不需要 T 淋巴細胞即可直接活化 B 淋巴細胞,也推測 IPAF 屬胸線非依賴性第一型抗原 (type 1 thymus-independent antigen),本研究的目的為選殖 IPAF 的基因。首先利用 N 端胺基酸定序分析取得 IPAF 部分胺基酸序列 ASSLGTGGTLRNN,並依結果設計專一性 degenerate 引子,及依序利用 3’-RACE 及 5’-RACE 技術進一步選殖取得 IPAF cDNA,分析IPAF 之核甘酸與胺基酸序列,並與 NCBI 資料庫比對是否有相似序列。結果顯示IPAF cDNA全長為654-bp,其 ORF 為 474-bp,ORF 可轉譯 158個胺基酸,經SignalP prediction 程式分析得到前面的第 1~25 個胺基酸為 signal peptide,經 compute pI/Mw tool 程式計算第 26~158個胺基酸序列,推測其分子量為 14312.02 Da,pI 值為 9.62,且其分子量與天然純化之 IPAF 分子量相近。至NCBI 資料庫比對 IPAF 胺基酸序列結果顯示,IPAF 與蘭科植物 Epipactis helleborine lectin 具有高度相似。進一步將 IPAF 的 cDNA 構築於 pET30-IPAF 表現載體,以大腸桿菌為宿主進行融合蛋白,經 1 mM IPTG 誘導 6 個小時可以大量得到重組 IPAF。本研究選殖出的 IPAF 胺基酸序列,未來可更進一步探討 IPAF 之蛋白質結構、活性部位及保健功效。zh_TW
dc.description.abstractSome previous studies have showed that IPAF (immunodulatory protein of Anoectochilus formosamus) could activate mouse macrophages through TLR4 pathway and directly stimulated the proliferation of B lymphocytes without the help from T lymphocytes. These results suggested that IPAF might be a type 1 thymus-independent antigen. The objective of this study was to clone the cDNA encoding IPAF. First, we used the N-terminal amino acid sequence assay to acquire the N-terminal amino acid sequence of IPAF, ASSLGTGGTLRNN, and designed the IPAF degenerated specificity primers based on the N-terminal amino acid sequence. We then used 3’-rapid amplification of cDNA ends (RACE) and 5’ RACE PCR to generate the full-length IPAF cDNA. We then searched in NCBI database for similar nucleotide and amino acid sequences. The result showed that the full-length IPAF cDNA was 654-bp, and ORF was 474-bp, respectively. The protein encoded consisted of 158 amino acid residues. It was predicted that IPAF contained a putative residual signal peptide of 25 residues by the SignalP prediction assay. The molecular weight and pI value of amino acid sequence from residue 26 to 158 as predicted by the compute pI/Mw tool assay were 14312.02 Da and 9.62 respectively, which were similar to the native IPAF. The result of cross searching in NCBI database showed that the amino acid sequence of IPAF was highly similar to that of Epipactis helleborine lectin. A cDNA encoding mature IPAF was cloned into pET30 plasmid vector and expressed in Escherichia coli.. A fusion protein could then be induced by 1mM IPTG for six hours. This study suggested that the amino acid sequence of IPAF provided supportive information for future investigation regarding the structure, active domain and functional analysis of IPAF.en
dc.description.provenanceMade available in DSpace on 2021-06-08T05:01:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2010
en
dc.description.tableofcontents中文摘要………………………………………………………………….8
英文摘要…………………………………………………………………..9
第一章 研究背景…………………………………………………….…10
壹、前言………………………………………………………………….10
貳、金線連的種類與生長性…………………………………………….10
叁、台灣金線連之成分………………………………………………….12
肆、台灣金線連的藥理作用與生理活性之研究……………………….13
(1) 民俗用法……………………………………………………..…14
(2) 抗氧化作用……………………………………………………..14
(3) 毒性與安全性…………………………………………………..15
(4) 保肝作用………………………………………………………..15
(5) 抗癌效果………………………………………………………..16
(6) 抗發炎及抗過敏能力…………………………………………..17
(7) 免疫調節反應…………………………………………………..18
(8) 其它……………………………………………………………..18
伍、台灣金線連免疫調節蛋白相關之研究…………………………….19
陸、利用 RACE 選殖基因之策略……………………………………....21
(1) 利用 N 端胺基酸序列設計 degenerated primer 選殖……….21
(2) Rapid Amplification of cDNA ends (RACE) 技術於基因選殖之
利用………………………………………………………………23
柒、 研究動機與目的…………………………………………………....25
第二章 材料與方法………………………………………………….…26
壹、台灣金線連免疫調節蛋白之純化及生化特性分析…………….…..26
(1) 蛋白萃取………………………………………………………...27
(2) 蛋白質硫酸銨沉澱與透析……………………………………...28
(3) Bicinchoninic acid (BCA) 蛋白質濃度之測定………………...28
(4) SDS-膠體電泳分析 (sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel
electrophoresis) ………………………………………………….28
(5) 西方轉漬分析 (Western blot) ………………………………….29
貳、台灣金線連免疫調節蛋白基因之選殖…………………………….30
(1) N 端胺基酸定序分析…………………………………………..32
(2) 台灣金線連total RNA 之抽取………………………………....33
(3) 3’rapid amplification of cDNA ends (3’RACE).………………..33
(4) 5’rapid amplification of cDNA ends (5’RACE)………………...35
(5) 依 a36-700 基因片段設計 IPAF 專一性子………………….36
(6) DNA電泳分析與切膠純化…………………………………….36
(7) T-A coloning……………………………………………………..37
(8) 大腸桿菌之轉形 (Escherichia coli transformation) 及藍白篩選
………………………………………………………………...…37
参、重組蛋白質基因之構築與表現…………………………………...…38
(1) pET30IPAF表現載體之構築……………………………….…39
(2) 重組台灣金線連免疫調節蛋白質 (rIPAF) 之誘導表現……...42
(3) 重組台灣金線連免疫調節蛋白 (rIPAF) 之純化……………...42
第三章 結果……………………………………………………………..44
壹、台灣金線連免疫調節蛋白之純化與生化特性分析………………...44
(1) IPAF 之純化………………………………………….................44
(2) SDS-膠體電泳分析……………………………………………..44
(3) 西方轉漬分析 (Western blot) …………………………………44
貳、台灣金線連免疫調節蛋白基因之選殖…………………………...…44
(1) N端胺基酸定序分析……………………………………………45
(2) 台灣金線連 total RNA 之抽取…………………………...……45
(3) 3’rapid amplification of cDNA ends (3’RACE) ……………..…45
(4) 5’rapid amplification of cDNA ends (5’RACE) ………………..47
(5) 依 a36-700 基因片段設計 IPAF 專一性引子……………….49
(6) 以 RT-PCR 確認 IPAF cDNA 序列…………………………..49
叁、IPAF 序列分析………………………………………………………50
(1) IPAF 胺基酸序列 signal peptide 之預測……………………..50
(2) 確認 IPAF cDNA 之轉譯終止碼……………………………...50
(3) IPAF 二級結構之預測………………………………………….51
(4) GenBank submission………………………………………….... 51
(5) IPAF 一級結構的同源性比對……………………………….…51
肆、重組蛋白質基因之構築與表現……………………………………...52
(1) pET30-IPAF 表現載體之構築………………………………....52
(2) 重組台灣金線連免疫調節蛋白 (rIPAF) 之誘導表現與純化...52
第四章 討論…………………………………………………………..…54
參考文獻………………………………………………………..…………59
表…………………………………………………………………………..66
圖………………………………………………………………………..…72
附錄……………………………………………………………………..…95
dc.language.isozh-TW
dc.title台灣金線連免疫調節蛋白基因選殖及表現之研究zh_TW
dc.titleMolecular Cloning and Gene Expression of the Immunomodulatory Protein IPAF from Anoectochilus formosanusen
dc.typeThesis
dc.date.schoolyear99-1
dc.description.degree碩士
dc.contributor.oralexamcommittee許先業,周志輝,劉?睿,繆希椿
dc.subject.keyword台灣金線連,免疫調節蛋白,大腸桿菌,融合蛋白,RACE PCR,zh_TW
dc.subject.keywordAnoectochilus formosamus Hayata,immunodulatory protein,Escherichia coli.,fusion protein,RACE PCR,en
dc.relation.page96
dc.rights.note未授權
dc.date.accepted2010-09-21
dc.contributor.author-college生物資源暨農學院zh_TW
dc.contributor.author-dept園藝學研究所zh_TW
顯示於系所單位:園藝暨景觀學系

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